Dans Small Samurai Empires, les joueurs incarnent des Daïmyo - des chefs de grandes maisons dont le but est de conquérir le Japon et de devenir le plus puissant empereur de l'histoire. Pour y parvenir, les joueurs recruteront des armées de samurai, les déplaceront à travers les provinces pour acquérir une majorité, récolteront des ressources pour améliorer leurs actions, attaqueront les armées ennemies pour prendre le contrôle des provinces et construiront des châteaux pour fortifier leur position. Le joueur qui a le plus de points à la fin de la partie deviendra l'empereur du Japon. Menez vos samurai à la gloire !