Dans John Company, les joueurs jouent le rôle de familles ambitieuses essayant d'utiliser la Compagnie britannique des Indes orientales à des fins personnelles. Le jeu commence au début du 18ème siècle, lorsque la Compagnie a une faible emprise sur le sous-continent. Au cours du jeu, la Compagnie pourrait devenir la société la plus puissante et la plus insidieuse du monde, ou s'effondrer sous le poids de sa propre ambition.