En 1845, Sir John Franklin dirigea une expédition pour le compte de la Royal Navy britannique afin de trouver et d'explorer la dernière partie du passage du Nord-Ouest, quel qu'en soit le prix. La Royal Navy donna à Franklin deux navires lourds (le HMS Terror et le HMS Erebus) remplis de matériel scientifique, de 1000 livres, d'un équipage de 128 hommes et de nourriture pour trois ans. Ils quittèrent l'Angleterre en mai et rencontrèrent des baleiniers le long de la côte ouest du Groenland en août. Là, ils attendirent des conditions météorologiques plus favorables pour la traversée du détroit de Lancaster. Une fois le temps amélioré, ils naviguèrent dans des eaux inconnues, et personne n'entendit plus jamais parler d'eux...

Leur disparition a provoqué de nombreux remous dans l'opinion publique et de nombreuses expéditions britanniques et américaines ont tenté de retrouver leur trace. En tant que chefs de ces expéditions dans Expedition: Northwest Passage , les joueurs doivent s'aventurer dans ces eaux dangereuses de l'Arctique afin de découvrir le sort de Franklin et réussir là où il a échoué : en trouvant le passage du Nord-Ouest. Les joueurs répartissent leurs membres d'équipage dans leur navire ou dans leur traîneau pour effectuer diverses actions telles qu'explorer, se déplacer ou recueillir des indices sur la localisation de l'expédition Franklin.

Au fil des saisons, des zones de la mer seront gelées, bloquant la route des navires. Les joueurs obtiennent des points de victoire en rassemblant des indices, en cartographiant la zone et, bien sûr, en découvrant le passage du Nord-Ouest. Cependant, pour remporter la victoire, il faut rentrer à temps au Groenland !