Dans Bone Wars, les joueurs incarnent un paléontologue à la fin du XIXe siècle. À cette époque, une rivalité acharnée oppose Othniel Marsh et Edward Cope, deux paléontologues de renommée mondiale. Ils tentent tous deux de surpasser l'autre dans la découverte de nouvelles espèces de dinosaures, allant jusqu'à soudoyer des ouvriers, voler ou même détruire des os. Les joueurs incarnent des paléontologues travaillant pour l'un de ces hommes légendaires ou travaillent peut-être pour leur propre compte, essayant de surpasser toute concurrence.

Au cours du jeu, les joueurs doivent utiliser intelligemment leurs cartes d'action, qu'ils placent dans les emplacements situés sous leur plateau de jeu. Ces cartes d'action peuvent soit activer leur équipe (déterrer des fossiles et découvrir de nouvelles espèces sur le terrain), soit leur paléontologue (qui passe son temps à publier des espèces, à démystifier les articles des autres joueurs et à obtenir des récompenses).

Les cartes d'espèces publiées sont ajoutées aux emplacements bonus en haut de votre plateau de jeu. Chaque carte d'espèce ajoutée confère un bonus en fonction du nombre de cartes d'espèces déjà présentes dans cet emplacement spécifique.

Lorsque votre paléontologue publie un article, il est ajouté au camp de Marsh ou de Cope, selon le camp pour lequel le joueur travaille. Des actions spécifiques récompenseront également des points de fidélité auprès de votre mécène actuel. À la fin de la partie, les joueurs multiplient le nombre de points de fidélité qu'ils ont (à la fois envers Marsh et Cope) avec les articles publiés pour gagner des PV. Les articles publiés comptent donc pour tous les joueurs. C'est à vous de les faire compter le plus pour vous.